Autotools
CLion では、実際の Makefile を準備するために事前構成手順が必要なプロジェクトも操作できます。 GNU Autotools(英語)、 Kbuild(英語)、 PERL MakeMaker(英語) のスクリプトは自動的に検出されて実行され、Makefile を取得してプロジェクトをロードします。 CLion は、 xmkmf ツールもサポートしており、 Imakefile テンプレートから Makefile を生成します。
Autotools プロジェクト
プロジェクトフォルダーを開くと、CLion は次の場合にそれを Autotools プロジェクトとして認識します：
プロジェクトルートに configure.ac または configure.in ファイルが存在するが、両方は存在しない場合。
Makefile.in 、 Makefile.am 、またはその両方がある場合。
すでに生成された Makefile または configure スクリプトが存在しても、これには影響しません。
事前構成 (GNU Autoconf)
GNU Autoconf がシステムにインストールされている場合（autoreconf はシステム PATH にある必要があります）、CLion は最初にそれを呼び出します。
デフォルトでは、CLion は以下のコマンドを使用して Autotools プロジェクトを構成します：
このコマンドセットは、必要に応じて 変更できます（以下を参照）。
事前設定パラメーターを制御する
必要に応じて、事前設定コマンドを調整できます。
に進みます。
コマンド フィールドに必要な変更を加えます。
例:
bootstrapなどの追加の事前構成スクリプトを実行するには、次のコマンドを追加します。./bootstrap <args>また、デフォルトのコマンドセット
#!/bin/shの最初の行にも注意してください。 POSIX デフォルトインタープリター /bin/sh を明示的に指定します。 このコマンドはそのままにするか、別のインタープリター（Python の場合は#!/usr/bin/pythonなど）を使用するように変更できます。ビルドディレクトリは、 ビルドディレクトリ フィールドで、または ビルドオプション の
-C pathフラグを介して変更することもできます。ビルドディレクトリを変更するときは、次の点に注意してください。
以前のディレクトリは削除されません。
新しいビルドディレクトリが存在しない場合、スクリプトが空でなければ、CLion は事前構成手順の前にそれを作成します。 そうしないと、ディレクトリは作成されません。
ツールチェーンを変更する
Autotools スクリプトを実行するとき、CLion は で指定されたツールチェーンからコンパイラーを取得します。
プロジェクトを初めて開く場合、CLion はデフォルトのツールチェーンを使用します。
ここでもリモートツールチェーンを指定できることに注意してください。
PERLMakeMaker プロジェクト
MakeMaker で生成された Makefile には、 クリーン と distclean の個別のターゲットはありません。 プロジェクトツリーをクリーンアップし、 Makefile 自体も削除する クリーン ターゲットのみがあります。
そのため、MakeMaker プロジェクトでは、 make clean コマンドは 事前構成手順の一部としてのみ実行する必要があります。 CLion は、必要に応じていつでも 調整できる以下の事前構成スクリプトを使用します：
リモートモードの制限
リモートモードでは、 build ディレクトリはローカルマシンに同期されません。 config.h を手動で同期してください。
リモートでの Windows 固有の問題:
プロジェクトがリモートホスト（CPP-26698(英語) ）にアップロードされるとき、行末は UNIX(LF) スタイルに変換されません。
リモートホスト（CPP-26700(英語) ）に実際にファイルが転送されていない場合、アップロード段階は正常に完了したことを示す場合があります。